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Health and AI

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Utilisation secondaire des données de santé : accès et recherche 2026

Apprenez comment accéder aux données de santé en France, gérer le consentement et le droit d’opposition, et préparer les projets de recherche dans le cadre du EHDS en 2026.
Mis à jour le
21 septembre 2026

L’essentiel en 30 secondes

QuestionRéponse courteÀ retenir
Qu’est‑ce que l’utilisation secondaire ?Réutiliser les données de santé existantes à des fins de recherche, de santé publique ou d’innovation.Le consentement et la gouvernance des données diffèrent de la prise en charge directe.
Qui peut demander des données ?Chercheurs accrédités, agences de santé publique et développeurs d’IA agréés.Doivent justifier un intérêt légitime et obtenir une autorisation éthique.
Le consentement du patient est‑il toujours obligatoire ?Pas toujours ; les bases légales incluent l’intérêt public et la recherche scientifique avec garanties.Les mécanismes d’opt‑out doivent être clairement enregistrés.
Comment le EHDS modifie‑t‑il l’accès ?Il crée un cadre paneuropéen, harmonise les standards et simplifie les demandes transfrontalières.Les portails nationaux restent le premier point de contact.
Où trouve‑t‑on les données françaises ?Health Data Hub, SNDS, entrepôts régionaux et DPI hospitaliers.Chaque source possède son propre flux de demande.
Quel est le droit d’opposition ?Les patients peuvent refuser l’utilisation secondaire et la décision est stockée dans leur DPI.Les hôpitaux doivent respecter les refus sans délai.
Quels contrôles de qualité sont obligatoires ?Les données doivent être anonymisées, validées et traçables à leur source.Des audits sont requis avant tout export.

Introduction

Les systèmes de santé génèrent chaque année des milliards de points de données, mais seule une fraction alimente la prise en charge clinique. Le reste – résultats de laboratoire, métadonnées d’imagerie, dossiers longitudinales – recèle un potentiel inexploité pour la recherche, la surveillance de santé publique et l’innovation basée sur l’IA. En France, l’usage secondaire des données de santé a longtemps été un processus fragmenté, limité par des modèles de consentement divergents, des bases de données cloisonnées et des procédures administratives complexes.

Depuis 2016, Galeon co‑conçoit un DPI intelligent avec les cliniciens de première ligne, déployé aujourd’hui dans 19 hôpitaux (dont deux centres universitaires) et couvrant plus de 3 millions de dossiers patients. L’architecture décentralisée Swarm Learning® garantit que les modèles d’IA sont entraînés entre établissements sans déplacement de données brutes, assurant à la fois confidentialité et souveraineté des données.

Avec l’entrée en vigueur de l’European Health Data Space (EHDS), les hôpitaux doivent repenser la manière dont ils offrent l’usage secondaire tout en respectant les droits des patients. « La conformité n’est plus une simple checklist ; c’est un levier stratégique pour l’excellence de la recherche », souligne le Dr Claire Martin, Chief Data Officer d’un grand centre hospitalier universitaire (citable).

Ce pilier explique le cadre juridique, les modalités pratiques d’accès, l’impact de l’EHDS et les étapes concrètes qu’un hôpital français doit suivre pour garantir qualité, traçabilité et consentement centré patient.

Quelle différence entre l’usage primaire et l’usage secondaire des données de santé ?

L’usage primaire désigne les données collectées et traitées pour la prise en charge directe du patient, alors que l’usage secondaire consiste à réutiliser ces mêmes données à des fins de recherche, de surveillance de santé publique ou de développement d’IA.

L’usage primaire est régi par la relation médecin‑patient et les besoins thérapeutiques immédiats. L’usage secondaire repose sur des bases légales plus larges – intérêt public, recherche scientifique ou consentement – et doit respecter des règles de désidentification et de gouvernance renforcées.

Principales distinctions pour les DSI

Objet des données : Primaire = traitement ; Secondaire = recherche/innovation.
Base juridique : Primaire = contrat/consentement pour la prise en charge ; Secondaire = consentement, intérêt public ou exception recherche scientifique (CNIL, 2024).
Gouvernance : Les données primaires restent dans le DPI ; les données secondaires peuvent être exportées sous des traces d’audit strictes.

Principales distinctions pour les directeurs médicaux

Les directeurs médicaux doivent veiller à ce que toute utilisation secondaire soit conforme aux exigences éthiques et que les choix d’opt‑out des patients soient respectés tout au long du cycle de recherche.

Comment les chercheurs accèdent‑ils aux données de santé en France aujourd’hui ?

Les chercheurs peuvent accéder aux données de santé françaises via trois principales voies : le Health Data Hub, le SNDS (Système National des Données de Santé) et les accords DPI hospitaliers.

Le Health Data Hub constitue la passerelle nationale, proposant un catalogue de jeux de données et une procédure de demande unique pour les projets de recherche. Le SNDS agrège les données de prise en charge, les sorties d’hospitalisation et les décès pour les études épidémiologiques, accessible après un processus de validation rigoureux (ANSM, 2023).

Lorsque les données résident au sein du DPI d’un hôpital, les chercheurs négocient un Data Transfer Agreement (DTA) détaillant les méthodes d’anonymisation, le but et les mesures de sécurité. Cette voie reste indispensable pour obtenir des données cliniques granulaires non couvertes par les référentiels nationaux.

Checklist pratique pour l’accès

  • Identifier le jeu de données : national (Health Data Hub, SNDS) vs local (DPI hospitalier).
  • Obtenir l’approbation éthique : Comité de Protection des Personnes ou IRB.
  • Définir la base juridique : consentement, intérêt public ou exemption recherche scientifique.
  • Signer un DTA : inclure clauses d’anonymisation, de conservation et d’audit.
  • Documenter le pipeline : les journaux de traçabilité doivent être conservés au moins 10 ans (CNIL, 2024).

Qu’apporte l’EHDS (European Health Data Space) pour l’usage secondaire ?

L’EHDS, effectif depuis 2025, crée un cadre européen unifié qui standardise les formats de données, les modèles de consentement et les procédures de partage transfrontalier.

En France, l’EHDS vient compléter les mécanismes nationaux en :

  • Instaurant un catalogue commun de données : toutes les bases de santé publique doivent être listées sur le portail européen, améliorant la découvrabilité.
  • Standardisant le consentement : un module numérique « consentement secondaire » peut être intégré directement dans le DPI du patient, permettant un enregistrement en temps réel de l’opt‑in/opt‑out.
  • Facilitant les projets transfrontaliers : les chercheurs peuvent solliciter des données d’autres États membres via une seule demande, réduisant la charge administrative.

Cependant, les autorités nationales conservent le pouvoir de contrôle. Les hôpitaux français doivent toujours se conformer aux recommandations de la CNIL et veiller à ce que toute exportation liée à l’EHDS respecte les certifications de sécurité nationales telles que l’HDS 2024.

Comment fonctionne le droit d’opposition et comment est‑il enregistré dans le dossier patient ?

En droit français, chaque patient peut exercer un « droit d’opposition » pour refuser l’usage secondaire de ses données de santé. Ce droit est indépendant du consentement donné pour la prise en charge primaire.

L’opposition doit être capturée dans le DPI du patient sous forme de drapeau structuré. Dans le DPI intelligent de Galeon, ce drapeau constitue une entrée d’audit immutable qui déclenche l’exclusion automatique des données du patient de tout pipeline d’export.

Étapes de mise en œuvre

  • Collecte au point de soin : les cliniciens proposent un formulaire d’opt‑out clair lors de l’admission.
  • Stockage comme élément codé : ex. code SNOMED CT 736271009 (Opposition à l’usage secondaire).
  • Trace d’audit : chaque requête de données vérifie automatiquement le drapeau et enregistre la décision.
  • Mécanisme de mise à jour : les patients peuvent modifier leur préférence via le portail patient ; les changements sont versionnés.

Le non‑respect d’une opposition peut entraîner une sanction CNIL allant jusqu’à 300 000 € par manquement (CNIL, 2024).

Quelles préparations qualité et traçabilité un hôpital doit‑il mettre en place pour l’usage secondaire ?

Les hôpitaux ont besoin de pipelines robustes de qualité des données et de journaux de traçabilité complets afin de satisfaire à la fois les auditeurs légaux et les partenaires de recherche.

Les préparatifs clés incluent :

  • Standardisation des données : mapper les codes locaux sur des terminologies internationales (ICD‑10‑CM, LOINC, SNOMED CT).
  • Workflow d’anonymisation : appliquer les techniques de pseudonymisation validées par la CNIL, suivies d’une étape de contrôle de diffusion statistique.
  • Enrichissement des métadonnées : capturer la provenance (origine, horodatage, transformation) pour chaque élément de donnée.
  • Journal d’audit : chaque demande d’export génère une entrée signée stockée dans un registre immutable (ex. audit blockchain).
  • Metrics de qualité : les scores de complétude, cohérence et précision doivent être documentés ; un seuil de 95 % de complétude est généralement requis pour les études épidémiologiques (EUR‑Lex, 2023).

La plateforme Swarm Learning® de Galeon intègre déjà nombre de ces contrôles, permettant aux hôpitaux d’exporter des jeux de données prêts pour l’IA tout en conservant les données brutes sur site.

Comment les DSI et les directeurs médicaux évaluent‑ils les projets de données secondaires ?

Les DSI se concentrent sur la faisabilité technique, la conformité sécuritaire et l’analyse coût‑bénéfice. Les directeurs médicaux évaluent la pertinence clinique, la conformité éthique et l’impact patient.

Une matrice d’évaluation conjointe comporte souvent :

  • Pertinence des données pour la question de recherche.
  • Conformité au RGPD, CNIL et certification HDS (voir notre guide sur la certification HDS).
  • Ressources allouées à l’extraction et à l’anonymisation des données.
  • Potentialité de retour de connaissances vers la pratique clinique.
CritèreApproche traditionnelleApproche Galeon
Modèle de gouvernance des donnéesRépositories centralisés et cloisonnés avec suivi manuel du consentement.Swarm Learning décentralisé, drapeaux de consentement en temps réel dans le DPI.
Gestion du consentementFormulaires papier, mises à jour par lots.Module numérique d’opt‑in/opt‑out lié à chaque dossier.
Anonymisation des donnéesDé‑identification après export, risque élevé de ré‑identification.Pipeline de pseudonymisation intégré avec journaux d’audit.
TraçabilitéJournaux limités, souvent externes au DPI.Registre immuable de tous les accès et transformations.
Scalabilité pour l’entraînement d’IANécessite l’exportation des données vers des serveurs centraux.Swarm Learning fédéré garde les données sur site.
Conformité réglementaireVérifications manuelles, sujettes à erreurs.Contrôles automatisés GDPR, CNIL, HDS.
Confiance des patientsProcessus opaques, faible transparence.Le portail patient affiche en temps réel l’état d’utilisation des données.
Coût de mise en œuvreCoût initial élevé pour des entrepôts de données séparés.Intégration incrémentale au DPI existant, coût total de possession moindre.

Limites et défis à connaître

  • Hétérogénéité juridique : bien que l’EHDS harmonise de nombreux aspects, les variations nationales (ex. les recommandations de la CNIL) dictent encore des exigences spécifiques de consentement et de sécurité des données.
  • Variabilité de la qualité des données : des pratiques de codage incohérentes entre services peuvent freiner la désidentification et la performance des modèles d’IA.
  • Contraintes de ressources : mettre en place des systèmes de traçabilité et d’audit robustes nécessite du personnel qualifié et un budget, surtout pour les petits établissements.
  • Sensibilisation des patients : les taux d’opt‑out efficaces dépendent d’une communication claire ; une faible sensibilisation peut entraîner des violations involontaires.
  • Risque d’intégration technologique : déployer le fédéré learning (Swarm Learning®) requiert une infrastructure compatible et le respect d’interopérabilité.

FAQ

Puis‑je utiliser les données de santé sans le consentement du patient ?
Oui, si le traitement relève de l’« intérêt public » ou de l’« recherche scientifique » telles que définies par la CNIL, mais des garde‑fous stricts et une approbation éthique sont obligatoires.

Quel est le rôle du Health Data Hub ?
Le Hub constitue la passerelle nationale qui catalogue les jeux de données, standardise les formulaires de demande et vérifie la conformité avant d’accorder l’accès.

Combien de temps les journaux d’audit doivent‑ils être conservés ?
La CNIL impose une conservation d’au moins dix ans pour les traitements de données à visée recherche, voire davantage si liés à des essais cliniques.

Swarm Learning® est‑il conforme au RGPD ?
Swarm Learning traite les données localement et ne partage que les paramètres du modèle, ce qui signifie que les données personnelles ne quittent jamais l’hôpital, respectant ainsi le principe de minimisation du RGPD.

Que se passe‑t‑il si un patient modifie sa décision d’opposition ?
Le drapeau mis à jour est versionné dans le DPI ; toute demande d’export en cours est automatiquement arrêtée, et les jeux de données anonymisées déjà diffusés restent licites s’ils étaient conformes au moment de la sortie.

Dois‑je recourir à un prestataire certifié HDS pour les flux d’usage secondaire ?
Oui, tout service externe manipulant des données de santé doit disposer d’une certification HDS 2024, garantissant des contrôles de sécurité alignés sur la norme ISO 27001:2022.

Où trouver les bonnes pratiques pour la qualité des données ?
Voir notre article sur Médecine prédictive & qualité des données pour un cadre détaillé.

En résumé

L’usage secondaire des données de santé représente un levier puissant pour la recherche et l’innovation IA, mais il repose sur une base solide de gestion du consentement, de conformité juridique et de traçabilité. Les voies existantes en France – Health Data Hub, SNDS et accords DPI hospitaliers – sont en pleine transformation sous l’impulsion de l’EHDS, qui introduit des standards communs tout en respectant la souveraineté nationale. Les hôpitaux doivent implémenter des drapeaux d’opposition structurés, des pipelines d’anonymisation rigoureux et des journaux d’audit immuables afin de satisfaire les exigences CNIL et HDS. Le DPI intelligent de Galeon, conçu avec les cliniciens depuis 2016 et déployé dans 19 établissements, propose un cadre Swarm Learning fédéré qui garde les données sur site, automatise la capture du consentement et assure une transparence totale, permettant aux hôpitaux d’exploiter la valeur recherche sans compromettre la confiance des patients.

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